在实验过程中发现，
核酸染料，采用“胶染法”的方式进行电泳，较大相对分子质量的DNA条带出现弯曲且有“拖尾”现象，在排除电泳液、琼脂糖凝胶质量和电压等原因后仍未获得较好的条带；而用“后染法”后可获得较好质量的DNA电泳图。
核酸染料可以和核酸分子结合，在激发光的照射下发射荧光，从而指示核酸的位置及大致的含量。高质量DNA琼脂糖凝胶电泳结果是亮度适中、无“拖尾”或弥散现象、条带单一的信号。由于DNA琼脂糖凝胶电泳所需的步骤和试剂多，任何一个环节出错均可能导致电泳失败。
在前期PCR产物电泳时发现，DNA分子呈条带扭曲、不同相对分子质量的DNA条带分界不清和出现“拖尾”现象。在降低电压、重新配制电泳缓冲液、更换电泳仪和电泳槽、更换新批次的琼脂糖粉末并且请经验丰富的科研人员重复电泳过程后，均未得到良好的DNA琼脂糖凝胶电泳结果。
核酸染料是一种以花青素母体为基础，将苯环改良成链式结构的油性大分子。该染料不能穿透细胞膜进入活体细胞内，不易挥发而被吸入人体，且诱变性远远低于溴化乙锭，是一种安全无毒、高灵敏的全新核酸染料。核酸染料含阳离子基团，可以与DNA的阴离子基团非共价结合，在激发光照射下发出荧光，从而指示DNA的位置。
核酸染料可以影响琼脂糖凝胶电泳时DNA条带的质量。在排除DNA本身质量、琼脂糖凝胶质量、电泳液质量以及电压等因素后，若采用“胶染法”进行DNA核酸电泳时出现条带扭曲或“拖尾”时，应考虑到核酸染料质量的问题。采用“后染法”或更换核酸染料的种类可改善DNA电泳条带的质量。
